Retrato de Fernando III por Pedro Pablo Rubens

No sólo fue, como su padre, un patrocinador entusiasta de la música sino un compositor admirado y respetado también.Su maestro fue Giovanni Valentini, con quien continuó teniendo cercanos lazos personales hasta la muerte de Valentini.

Bajo Fernando II (quién se convirtió en emperador en 1619) la largamente establecida influencia Neerlandesa en la música de la Hofkapelle de Viena se había acabado abruptamente. Desde aquel momento los italianos pusieron el tono y, además de Valentini, prominentes compositores italianos como Bertali y Sances ocuparon puestos importantes allí durante muchos años.

Retrato de Fernando Ernesto por Jan van den Hoecke - h. 1634

Fernando III fue coronado Rey de Hungría en 1625 y en 1627 de Bohemia. El 20 de febrero de 1631 se casó con su primera esposa María Ana de España (1606-1646), hija menor de Felipe III de España y de Margarita de Austria, con quien tuvo seis hijos, de los que solo tres sobrevivieron: Fernando, Mariana y Leopoldo. En 1636 fue coronado Rey de Romanos y Emperador del Sacro Imperio Romano en 1637 tras la muerte de su padre.

Varios compositores italianos escribieron óperas para Viena durante el reinado de Fernando III, y el octavo libro de Monteverdi de madrigales (1638) es quizás la más notable de las numerosas publicaciones dedicadas a él.

Fernando desempeñó una parte activa en la preparación de las grandes festividades de la corte, sobre todo obras escénicas de varios tipos, que se produjeron con suma magnificencia en Viena y en otras partes de sus dominios de Habsburgo; una de tales ocasiones notables fue la boda de su hija María Anna con  Felipe IV de España en Bruselas en 1650, cuando se representó el "Ulisse all'isola di Circe" de Gioseffo Zamponi. Distinguidos compositores alemanes como Froberger y Ebner -el último un especial favorito- también trabajaron en su corte.

Thaler de Augsburgo con la imagen de Fernando III

En 1647 Fernando III puso música a un libreto de su hermano, el Archiduque Leopold Wilhelm, obispo y comandante en jefe de las tropas imperiales. Esta ópera temprana con un tema moralista -similar a "Rappresentatione di Anima e di Corpo" de Emilio de' Cavalieri- probablemente se representó por primera vez en la corte de Bruselas en noviembre de 1647 y se repitió durante el carnaval del año siguiente en el Castillo Real de Praga por orden de Fernando.

En 1648, Fernando III se casó con su segunda esposa María Leopoldina de Habsburgo-Médicis, Archiduquesa de Austria, hija de Leopoldo V, Archiduque de Austria y Claudia de Médicis, con quien tuvo un hijo.

En 1651 contrajo matrimonio con Leonor de Mantua, hija de Carlos IV Gonzaga-Nevers, duque de Mantua y de Rethel; tuvieron cuatro hijos de los que dos llegaron a la edad adulta. Durante los últimos años de su vida Fernando fundó en Viena una academia literaria sobre el modelo italiano.

Edición discográfica con una obra de Fernando III

El propio alegórico "Drama musicum" de Fernando fue muy alabado por Athanasius Kircher, quien declaró (Musurgia universalis, 1650) que Fernando no tenía ‘ningún igual entre los soberanos'. Algunas piezas seculares, incluyendo música sobre textos italianos, y varias obras sacras suyas sobreviven.

Las últimas incluyen dos misas, cuatro motetes, diez himnos, letanías, un "Stabat mater" y un "Miserere". La música de Fernando muestra la influencia de Valentini, pero en sus mejores obras, por ejemplo en el "Miserere", muestra también que era compositor de alguna individualidad e imaginación, con una técnica segura.

Luego de su muerte fue sucedido en el trono del Santo Imperio Romano por su segundo hijo Leopoldo I, también compositor, ya que su hijo mayor, Fernando IV, rey de Hungría y de Bohemia, había muerto con sólo veinte años en 1654.